Cambiamenti importanti per la FJR 1300 versione 2013. La supertourer presentata a Intermot dalla Yamaha è stata ridisegnata nel frontale, è dotata di un inedito doppio faro e ha un parabrezza a regolazione elettrica molto più efficiente, ma  gli interventi più importanti riguardano la tecnica.

L'acceleratore a controllo elettronico permette alla centralina di gestire l'apertura dei corpi farfallati in modo da garantire un'erogazione più dolce, scegliendo tra due diverse mappature; è stato introdotto un nuovo controllo di trazione e c'è il cruise control, che funziona in 3a, 4a e 5a marcia, tra 50 e 180 km/h.

Numerosi interventi anche sul motore: sono stati ridisegnati i corpi farfallati e lo scarico, ed è stato ridotto il numero dei catalizzatori; la potenza massima è salita di 2 kW.

Sulla FJR 1300 AS c'è anche il cambio semiautomatico con lo Stop-Mode che scala automaticamente le marce fino alla prima quando si rallenta per fermarsi. È anche stata modificata la taratura della forcella della FJR standard, mentre sulla FJR 1300 AS è stato introdotto un sistema di regolazione elettronica che permette di modificare istantaneamente il setting delle sospensioni e la forcella è a steli rovesciati.