A Sepang in Moto3, il migliore nelle prime libere a Sepang, è stato il tedesco Jonas Folger (Kalex KTM) che ha fatto segnare 2.15.097.

Secondo tempo per il pilota ceco Jakub Kornfeil (FTR-Honda), mentre il pilota di casa, Zulfahimi Khairuddin (KTM) è terzo. Quarto tempo per il leader della classifica iridata, il tedesco Sandro Cortese (KTM) a 1,379s da Folger.

Il colpo di scena, però, viene dall'annuncio inaspettato di Maverick Vinales, che alla vigilia delle libere ha deciso di lasciare la sua squadra. A Vinales non sarebbe andata giù la decisione del suo manager di chiudere in fretta la trattativa con il suo team, il BQR Avintia, per il 2013, non considerando le offerte della KTM e di altre squadre.

La rinuncia a scendere in pista e la perdita della squadra per la fine della stagione di Vinales, significa la vittoria matematica del titolo da parte di Sandro Cortese che avrebbe solo in Louis Salom (che in questa gara partirà con una penalizzazione di 5 posti in griglia di partenza), un debole avversario.