La gara della MotoGP come quella della Moto2 precedentemente a Sepang, è stata fermata dalla Direzione di gara con la bandiera rossa per le cattive condizioni meteo che stavano mettendo in difficoltà i piloti della classe regina.

Dopo molte cadute, tra cui quella di Andrea Dovizioso (Yamaha) mentre era in lotta per il podio, la bandiera rossa è stata necessaria per eviatare danni ancora peggiori. Avvisaglie sulla sicurezza erano state date anche dallo stesso Jorge Lorenzo, che in evidente difficoltà, aveva alzato una mano prima di una brutta imbarcata.

Dopo soli 14 giri su 20 da disputare, la gara della MotoGP ha rischiato di riprendere. Contro ogni parere dei piloti nel paddock, comunque, la Direzione di Gara, è sembrata intenzionata a riprendere la corsa. Si è trattato di un momento di vera confusione con addetti della Irta che cercavano di trovare consenso nei box per una decisione a dir poco bizzarra.

Nel frattempo, i minuti passavano e la pioggia intensificava. In tutto questo anche il tramonto del sole anticipato dalla posizione equatoriale della Malesia. Così alla fine, la MotoGP, non è ripartita giustamente. Le condizioni della pista e la pioggia non assicuravano la sicurezza per i piloti.

L'ordine di arrivo finale, quindi è quello del 14° giro con Dani Pedrosa (Honda) in testa seguito da Jorge Lorenzo (Yamaha) e con Casey Stoner (Honda) in terza posizione. I punti assegnati sono pieni, quindi, dopo questa gara, Pedrosa riprende a Jorge Lorenzo 5 punti (330 a 307 per il pilota della Honda).

Ora il vantaggio del pilota della Yamaha, che rimane in testa, è di soli 23 punti, mentre ci sono ancora da assegnare 50 punti in due gare che rimangono a chiudere la stagione. Alle spalle del podio, in quarta e quinta posizione le due Ducati di Nicky Hayden e di Valentino Rossi. Sesto posto per Alvaro Bautista (Honda), mentre il pilota privato della Ducati Hector Barberà è settimo.

Solo 13 i piloti classificati per questa gara a eliminazione, con in ultima posizione ma a punti anche Andrea Dovizioso (Yamaha) che era caduto poco prima della bandiera rossa.

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