Dalla poca competitività del biennio 2002-2003 ad essere la moto più ambita della griglia per poi ripiombare nel baratro delle difficoltà, con vista sul futuro
Il 2007 si apre con il cambio regolamentare che porta la cilindrata delle moto da 990 cc a 800 cc. L’M1 del 2007 ha un motore più leggero (-3,5 kg) e compatto rispetto al 2006, aggiornato più volte nel corso della stagione per trovare più potenza e contrastare l’esuberante Ducati Desmosedici GP7 con Casey Stoner. Seppur con un motore più potente, la M1 2007 non perde i suoi punti di forza che sono la maneggevolezza e la velocità di percorrenza delle curve.
Nel 2008 Yamaha mette mano ancora al motore della M1 introducendo le valvole pneumatiche che contribuiscono ad aumentarne potenza e coppia riducendone il peso. Vengono rivisti anche il telaio, la carena e la distribuzione dei pesi. Per il 2009, invece, arrivano solo piccoli aggiornamenti a motore, telaio ed elettronica. La moto del 2010 riceve solo aggiornamenti minori rispetto al 2009 ma l’introduzione nel regolamento di soli 6 motori utilizzabili in stagione porta i motoristi di Iwata a lavorare sull’affidabilità. L’M1 2011, ultima con il motore 800, segue la stessa filosofia della 2010.
Yamaha dal 2008 al 2011 centra tre titoli iridati, due con Rossi nel 2008-2009 e quello di Lorenzo nel 2010, mentre nel 2011 il maiorchino è secondo, staccato di 90 punti, alle spalle di un imprendibile Casey Stoner con la Honda.
Cinque anni dopo il cambio regolamentare che ha portato le moto a 800 cc di cilindrata, per il 2012 i motori delle moto ritornano a quelli pre cambio, ovvero 1000 cc. La M1 del 2012 si presenta con un nuovo telaio deltabox con geometrie regolabili ed uno scarico più corto, 240 cv ed un peso di 157 kg a secco. Non cambia, invece, la moto del 2013: 160 kg a secco e solamente 5 motori utilizzabili durante la stagione. Migliorano le prestazioni e l’affidabilità. Per il 2014 Yamaha adegua la sua M1 al nuovo regolamento che impone centralina unica e 20 litri di serbatoio. L’unica novità di rilievo è l’introduzione del cambio seamless, che porta ad avere un passaggio più fluido da una marcia all’altra e minimizza i tempi di cambiata. Nel 2015 il peso minimo torna a 158 kg, la moto riceve un nuovo cambio e le winglets (alette) aerodinamiche.
In questi anni Yamaha coglie ancora due titoli iridati, entrambi con Jorge Lorenzo: nel 2012 davanti a Pedrosa e nel 2015 davanti al compagno di squadra Valentino Rossi (con tutte le polemiche del caso per il finale di stagione). Lorenzo e Rossi chiudono al secondo posto rispettivamente nel 2013 e nel 2014, entrambe le volte alle spalle di Marquez.
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