Sarà una Honda HRC a scattare dalla prima casella della griglia di partenza nel Gran Premio di Sepang classe MotoGP, ma sulla carena non c'è il numero 93, bensì il 26 di Dani Pedrosa a cui evidentemente l'aria della Malesia fa particolarmente bene. Il pilota spagnolo ha piazzato la zampata vincente all'ultimo giro utile, battendo di soli 7 millesimi un altro outsider, ovvero Johann Zarco in sella alla Yamaha Tech3.
Questa prima fila con distacchi da Moto3 è chiusa da Andrea Dovizioso che ha pagato solo 24 millesimi di ritardo e ha mostrato di essere veloce in tutte le condizioni. Questi tre piloti hanno mostrato di avere qualcosa in più, configurando anche la massima varietà tecnica in testa allo schieramento. In seconda fila i distacchi veleggiano tra i tre e i quattro decimi. Il quarto tempo in qualifica è stato staccato da Valentino Rossi, tallonato dal suo compagno di squadra Maverick Vinales a sua volta seguito da Jorge Lorenzo.
In apertura di terza fila troviamo Marc Marquez che paga quasi mezzo secondo di ritardo. La moto del leader del mondiale non è sembrata in forma sulla pista malese, tanto che Marquez è anche scivolato all'inizio delle Q2, ma si è subito rialzato ed è ripartito, rientrando nei box per cambiare moto visto che si era piegato il semimanubrio sinistro. La terza fila è completata dalle Suzuki di Rins e Iannone, attardate rispettivamente di otto e nove decimi, mentre in quarta fila troviamo Cal Crutchlow, Jack Miller e Pol Espargaro.
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