Dani Pedrosa si aggiudica il primo duello con Jorge Lorenzo nelle trasferte intercontinentali del mondiale e si porta con questo successo nel Gp del Giappone, alla sua quinta vittoria nella stagione 2012.
Il catalano ha fatto tutta la gara con Jorge Lorenzo (Yamaha) alle spalle dopo un solo sorpasso decisivo, chiudendo con l'assoluta sicurezza di oltre 4 secondi di vantaggio, sotto alla bandiera a scacchi.
Con questa vittoria, Pedrosa guadagna 5 punti nella rincorsa mondiale sempre nei confronti di Jorge Lorenzo che comunque rimane in testa con 310 punti contro i 282 del pilota Honda. Il podio, tutto spagnolo della MotoGP, è completato da Alvaro Bautista (Honda), che conquista il suo secondo terzo posto della stagione dopo quello di Misano.
Quarto Andrea Dovizioso con la Yamaha privata, mentre quinto è, Casey Stoner (Honda) al rientro dopo l'infortunio di Indianapolis che lo ha tenuto lontano dalle piste per tre gare.
Valentino Rossi (Ducati) non ha fatto meglio del settimo posto, chiudendo il suo Gp del Giappone alle spalle del campione del mondo della Moto2 dello scorso anno Stefan Bradl (Honda). Alle spalle di Rossi ha chiuso il compagno di squadra Nicky Hayden. Bel risultato per la wild card Katsuyuki Nakasuga (Yamaha), che ha tagliato il traguardo in nona posizione, davanti a Hector Barberà (Ducati) e Abraham (Ducati).