TRA la FP4 e la Q1 numerosissimi piloti sono finiti a terra, dimostrazione del fatto che interpretare il circuito di Assen con delle gomme poco conosciute in condizioni di pioggia non è facile per nessuno. Il weekend disastroso di Pedrosa sembra non avere un'inversione di tendenza. Lo spagnolo ha distrutto la moto nella FP4 e nella Q1 non è mai stato vicino ai due piloti della Ducati, Hernandez e Barbera. Solo il Sudamericano si è guadagnato l'accesso alla Q2, perché lo spagnolo è stato beffatto dal connazionale (Pol Espargaro) all'ultimo giro utile per segnare il tempo.
LA Q2 inizia con la caduta di uno dei protagonisti delle prove libere: Vinales. L'asfalto è bagnato e i top driver hanno scelto assetti da pioggia per entrambe le moto. I fratelli Espargaro aprono alla grande le danze ma dopo un paio di giri Rossi è già in zona pole position. Il vero colpo di scena avviene a nove minuti dal termine del turno; Marc Marquez cade e torna velocemente al box per ripartire con la seconda moto, una delle poche con assetto da asciutto.
IL tempo di Pol Espargaro riesce a resistere anche agli attacchi di Dovizioso, che prende il comando del gruppo a sei minuti dal termine, con un tempo pazzesco (1'47"8). La Ducati conferma il suo feeling con Assen e col bagnato quando Hernandez sale al secondo posto (con la Desmosedici GP 14.2) e Petrucci al quarto posto.
A un minuto dal termine, la rivoluzione. La pole position provvisoria è di Pol Espargaro, seguito da Petrucci ma la risposta di Dovizioso non tarda ad arrivare. Andrea chiude il turno in testa, seguito da Rossi, che nel finale tira fuori il coniglio dal cilindro. Terzo posto per Scott Redding. Quarto posto per Marquez. Solo decimo lo specialista del bagnato Petrucci, che chiude il gruppo della Q2 davanti a un Lorenzo in grossa difficoltà e a un Vinales sottotono.