Il 18 aprile 2016 viene ufficializzato il suo passaggio (per il 2017) in Ducati Cors. Il compagno di squadra è Andrea Dovizioso. Ottiene un secondo posto in Malesia e due terzi posti (Spagna e Aragona). Termina la stagione al 7º posto con 137 punti, senza vincere nessuna gara. Nel 2018 inizia la seconda stagione consecutiva come pilota ufficiale Ducati. Trova la prima vittoria con la Ducati in occasione del Gran Premio d'Italia al Mugello. Si ripete nel successivo Gran Premio di Catalogna, dopo essere partito dalla pole position. Riesce a vincere due gare consecutive, risultato che non otteneva dal Gran Premio d'Italia del 2016. A causa di questo infortunio è costretto saltare i Gran Premi di Thailandia, Giappone, Australia e Malesia. Conclude la stagione al 9º posto con 134 punti.